在迫害岳飞的过程中，秦桧已代表南宋同金兀术签订了“和约”，规定两国以淮水为界，割唐、邓二州与陕西诸地；岁贡银两、绢匹各二十五万；北方人流寓江南者，任其归回旧地。
高宗没想到条件如此低，不仅满口答应，甚至还心存感激，连忙发誓同意，这就是宋金对峙史上的第二个“和约”，史称“绍兴和约”。
岳飞被关已两月有余，秦桧等人还是找不到足够的证据，在逼迫岳飞签字画押时，岳飞写下了“天日昭昭、天日昭昭”八个大字。后来，秦桧在老婆王氏的怂恿下，发出密令，将岳飞、张宪、岳云等人处斩。在行刑之时，还特嘱多设防卫，以免有人劫法场。对岳飞的亲朋故旧，也不放过，杀戮流放，极尽迫害之能事。
对于岳飞的被害，当时就引起了公众的愤怒。韩世忠已被罢职，但他还是当面质问秦桧说：“岳飞到底犯了什么罪？有何证据？”秦桧说：“莫须有。”“莫须有”是宋时的口语，意思是也许有。韩世忠听了，十分气愤地说：“‘莫须有’三字，怎可服天下人！”
秦桧就是这样一个十恶不赦的奸徒，他之所以能在南宋时期兴风作浪，实在跟他纵奸有术大有关系。