诸侯院分为教会席位和世俗席位，由萨尔茨堡大主教和奥地利大公轮流主持。所有参加会议的诸侯都享有表决权，并且每位诸侯选票的多少由其拥有的帝国领地的多少来决定。如果某个世俗诸侯或教会诸侯拥有多个领地，那么他就支配着同样多的票数。此外，在诸侯院中，与在选侯院中的情形不同，神职人员明显占据多数，特别是大批帝国主教都在诸侯院中拥有席位和表决权。这一点在很大程度上是由神圣罗马帝国的“帝国教会”体制所决定的，而神职人员在诸侯院中占据多数的局势，也在很大程度上保证了神圣罗马帝国总体上的天主教性质。在宗教改革期间，尽管有不少选侯和诸侯改信了福音教，帝国等级会议却从未作出支持宗教改革的决定。究其原因，主要在于天主教保守势力始终在帝国等级会议的诸侯院中占据主导地位。
帝国城市院，由举办帝国等级会议的城市领导，但无投票权。帝国等级会议往往是在等到选侯和帝国诸侯意见统一后才形式地（pr of orma）询问一下帝国城市的意见。帝国城市院的地位远低于选侯院和诸侯院。
